• 线虫Ribo-seq rRNA去除试剂盒
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线虫Ribo-seq rRNA去除试剂盒

No.FS-R1058-04/FS-R1058-24/FS-R1058-96
SP-riboseq-Pool for Cearnohbitis elegans 试剂盒主要针对那些通常在Ribo-Seq样本中发现的极其丰富的rRNA片段。捕获探针完整覆盖了整个rRNA序列,处理去除高丰度的rRNA区域,也可以去除丰度低的的rRNA片段。
货号/规格/价格:
FS-R1058-04/4 rxns/¥2000.00
FS-R1058-24/24 rxns/¥11520.00
FS-R1058-96/96 rxns/¥11520.00
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产品描述

SP-riboseq-Pool for Cearnohbitis elegans  
线虫Ribo-seq rRNA去除试剂盒  




产品优势
  • 探针杂交捕获方式去除,无酶促反应,不会对感兴趣的RNA进行非特异降解;
  • 实验流程简单,匹配自动化,节省时间;
  • 优化的探针设计,rRNA覆盖全面,且无脱靶效应。

产品应用

高效去除10 ng~1000ng 人血液中total RNA样品的rRNA及Globin mRNA,在最大程度地回收其他mRNA和非编码RNA的同时,能够提高有效数据的比例,以用于后续全转录组测序、长链非编码RNA测序等相关领域的研究。

产品组分


保存说明

试剂盒放置2-8℃存储,探针-20℃保存。

操作步骤

 ***杂交前,RNA 样本应保持冰上放置。
1. 将探针(Probe Mix)涡旋混匀,快速离心使管壁液滴收集到管底。

2. 探针、 RNA样品杂交体系配置:
将12 μL的RNA 样品加入PCR管或者PCR板中(包含10 ng-1000 ng 的total RNA,注:当用细菌、原核、真菌通用型rRNA去除试剂盒V1去除rRNA时,总RNA的input量不要超过 200 ng,推荐使用100 ng的总RNA进行rRNA去除处理;当用细菌、原核、真菌通用型rRNA去除试剂盒V2去rRNA时,总RNA的input量不要超过400ng,推荐使用200 ng的总RNA进行rRNA去除处理),如果样品体积> 12 μL,则相应调整HB的体积,使HB体积为总体积的0.25 ×。总反应体积不能超过40 μL。按下表进行体系配置:

*按照制造商的用量说明,确保酶在68℃时具有活性。在磁珠准备过程中也可以加入RNase制剂。

3. 涡旋混匀并瞬时离心,收集管壁的液滴。

4. 将混合好的样本放PCR仪中进行杂交反应,杂交反应程序设置如下:


5. 准备链霉亲和素磁珠——SMB
    5.1 涡旋振荡使链霉亲和素磁珠充分悬浮,不要离心,以防磁珠沉降。
    5.2 每个样品取40 μL重悬好的磁珠到一个新的EP管中。对于多个样品所需SMB磁珠的清洗,可一起进行,如将6 个(240 μL)或12个样品(480 μL)的磁珠分装在一个管中进行清洗。
    5.3 将管子放在磁力架上,静置直到溶液变清澈(此处因磁力架性能不同,时间会有差异,Thermo磁力架(货号:12321D,约2 min)。
    5.4 去掉所有的上清液。
    5.5 每个样品添加80 μL的DB (如6个样品添加480 μL ,12个样品添加960 μL) ,涡旋彻底混匀。
    5.6 重复 5.3 到 5.5 步骤。

6. rRNA去除
    6.1 将步骤 4中的杂交样品(~20 μL),瞬离后,每个样品加入 80 μL 准备好的链霉亲和素磁珠 (步骤5) , 充分混匀。
    6.2 室温孵育15 min,中间每5 min震荡混匀一次,随后放PCR仪上50℃孵育 5 min。


    6.3 反应结束后立即将样品管放置磁力架上静置,直到溶液变清澈(此处因磁力架性能不同,时间会有差异,Thermo磁力架(货号:12321D,约2 min),小心将上清液转移至新的管中。
    6.4 将样品放在磁力架上直到溶液变清澈,以去除微量残留的磁珠 (建议)。
    6.5 小心地取96 μL 上清液转移到新的管中(建议)。
    建议操作步骤 6.4 和 6.5 去除可能吸到的痕量磁珠,但非必须项。
    此时, RNA可以在-20°C下保存一夜,或在-80°C下保存一个月。 ★安全停止点

7. RNA 纯化回收
rRNA去除后的RNA样本必须在文库制备之前进行纯化,以去除盐和缓冲液浓缩物。
    7.1 添加10μL的3M醋酸钠(SA)到步骤6的样品中(~100 μL);
    7.2 添加1μL的丙烯酰胺(LA);
    7.3 涡旋混匀;
    7.4 添加333 μL的无水乙醇;
    7.5 涡旋混匀;
    7.6 -80℃放置30min或者-20℃过夜;
    7.7 11000g(or最高速),4℃离心30 min;
    7.8 小心去除上清液,确保吸头不要碰到沉淀;
    7.9 添加 200 μL 70%乙醇清洗沉淀;
    7.10 11000g(or最高速),4℃离心5min;
    7.11 小心去除上清液,确保吸头不要碰到沉淀;
    7.12 重复乙醇清洗步骤(步骤7.9到7.11);
    7.13 室温晾干沉淀5min;
    7.14 加10μLRNase-free水or其他合适的洗脱Buffer溶解RNA,-80℃保存。

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