植物、动物以及微生物中总RNA中核糖体RNA(rRNA)的占比可高达90%以上,在RNA-seq中极大的限制转录组的检测效率及灵敏度(如mRNAs)。RNA-seq试验中,高效特异性去除rRNA可节约样本测序量,并有效提高目的RNA的检测灵敏度。 核糖体RNA(rRNA)去除试剂开发专家——启衡星生物开发的SP-ribo-PooLs核糖体RNA去除系列产品经过精心计算及优化设计了高度复杂的生物素修饰的DNA探针池,可高效的、特异性的结合rRNA,获得无偏差的RNA-seq结果。 本期将重点为大家介绍单一物种核糖体RNA(rRNA)去除产品系列~ |
1、产品简介 |
单一物种ribo-Pools用于研究已知和不太为人所知的物种(如人、小家鼠、褐家鼠或栗鼠等)。SP-ribo-Pool for Single Species根据物种的rRNA进行精心计算和复杂的设计,探针pool中的探针可均匀的覆盖细胞质中5S、5.8S、18S、28S rRNAs及12S、16S线粒体rRNAs。 |
其中,探针设计的关键指标包括: • 满足与全基因组不匹配的标准 • 在最佳杂交温度下所需的GC%范围 • 避免低复杂区域和重复性序列 |
2、产品优势 |
SP-ribo-PooLs核糖体RNA去除系列产品优势 |
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3、相关实验数据 |
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从HeLa 细胞或小鼠胚胎成纤维细胞中提取的总RNA(RIN ≥ 7.5),以1 μg的投入量,分别用人/大鼠/小鼠SP-ribo-Pool及Ribo-Zero Gold (人、小鼠、兔子) 试剂盒(Illumina) 进行 rRNA去除。人/大鼠/小鼠SP-ribo-Pool试剂盒在去除18S/28S核糖体RNA的表现上优于或与Ribo-Zero Gold试剂盒效果相当。人类样本RNA的去除效果与小鼠样本RNA去除的效果相当。 |
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对于人和小鼠的样本,SP-ribo-Pool试剂盒比 Ribo-Zero Gold的rRNA去除效率高约4%。 |
核糖体去除试剂盒产品系列 |
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