本研究综合基因编辑动物模型、胚胎显微操作、PAIso‑seq2 全长 poly (A) 尾测序、Smart‑seq2 转录组、DIA 蛋白质组、RIP‑qPCR 等多维度技术开展研究。构建 Gdf9‑Cre 介导的卵母细胞特异性Pan2条件敲除小鼠，规避全身敲除的围产期致死；结合生育力评估、EU/HPG 染色检测胚胎转录翻译活性；借助 PacBio 平台 PAIso‑seq2 技术，解析微量胚胎样本 mRNA 的 poly (A) 尾长度与 G/U 碱基组成，再通过回补注射、蛋白互作实验解析复合体作用机制。
研究结果显示：母源 PAN2 缺失不影响卵母细胞成熟、排卵与受精，但雌性小鼠表现严重亚生育力，胚胎大量阻滞于 2‑4 细胞阶段。PAN2 的翻译受 mRNA 3’‑UTR 的 CPE/PAS 元件严格管控，在 MII 卵母细胞才被激活表达；PAN2 不能直接结合 RNA，依靠PAN3‑PABPC1 桥接复合体识别靶转录本，优先选择poly (A) 尾缺少 G 碱基、富集 U 碱基的 mRNA 启动去腺苷酸化。母源 PAN2 敲除后，poly (A) 尾稳态彻底紊乱，本该清除的母源 mRNA 发生尾长异常改变、大量累积，BTG4、DIRAS2 等蛋白异常上调，直接抑制合子基因组激活。PAN2 介导的 mRNA 降解通路与 LC3B 自噬型 RNA 清除通路相互独立，无法互相代偿；向敲除受精卵回补 PAN2 mRNA，可部分挽救胚胎发育缺陷。该成果完善母源 mRNA 降解级联调控网络，为临床上不明原因的早期胚胎阻滞提供新的候选分子靶点。
图1.PAN2 调控早期胚胎发育模式图
微量胚胎 poly (A) 尾测序，rRNA 去除是实验成败关键!启衡星rRNA去除试剂盒(FS-R1051-V2）助您一臂之力！
图2.启衡星人/小鼠/大鼠 FFPE 样本 rRNA 去除试剂盒V2在研究中的应用
早期胚胎样本属于超微量样本，总 RNA 产量极低，核糖体 RNA 占比极高，会大量挤占测序数据，严重干扰 PAIso seq2 对 mRNA poly (A) 尾长度、尾内 G/U 修饰碱基的检测。
本研究在 PAIso seq2 文库构建流程中，使用FS R1051-V2 rRNA 去除探针池对胚胎总 RNA 进行 rRNA 消减处理：
图3、图4 全部 PAIso‑seq2 数据集均来源于 FS‑R1051-V2 处理后的胚胎样本，这是实现微量胚胎 poly (A) 尾全局解析不可或缺的前处理试剂。
图3. Pan2 基因的缺失会导致胚胎中 mRNA 尾端长度分布紊乱。
FS‑R1051 完成 rRNA 消减后获得的胚胎 mRNA poly (A) 尾长度分布测序结果，对比野生型与 Pan2 敲除合子、2‑细胞胚胎的尾长变化，是证明 PAN2 维持 poly (A) 尾稳态的核心数据。
图4在 poly(A) 尾中缺失 G 的 mRNA 尾更易发生级联降解。
FS‑R1051-V2 处理样本得到的 poly (A) 尾 G/U 碱基占比分析，支撑 “PAN2 偏好靶向低 G、富 U 转录本” 核心结论。
在本研究的PAIso-seq2建库中，2-细胞胚胎总RNA经北京启衡星生物 rRNA去除试剂（FS-R1051-V2）处理去除rRNA后，完整保留了mRNA 3'末端与poly(A)尾信息，支撑PacBio长读长测序获得高质量尾长/尾组成数据。
启衡星rRNA去除试剂盒适用于低起始量、对RNA完整性要求严苛的建库场景，兼容人、鼠等多种物种，广泛服务于全长转录组测序、Direct RNA测序、总RNA-seq等应用。
